分子表示方法中，SMILES 字符串紧凑、可直接套用语言模型，但不唯一、对细微结构变化不敏感；分子指纹（如 ECFP/Morgan 指纹）适合相似性搜索和传统机器学习，但丢失拓扑细节；图神经网络把原子当节点、化学键当边，是当前分子性质预测和生成的主流方案。