预测性计算生物学方法要求模型具备足够的泛化能力，即能够对训练数据之外的新细胞类型、新组织环境做出合理推断；这要求模型不仅拟合数据，还要学到背后的因果机制。当前大多数方法仍处于关联预测阶段，距离真正的因果推断还有距离。