SwarmRSI生成的两个程序已被生物学家实际采用于肠道和脾脏免疫研究，其中肠道研究中处理后的表征MHC-II得分Spearman相关系数达0.77和0.69，高于RNA PCA的0.65和0.40；脾脏研究中指标从0.045提升到0.102。