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16S rRNA测序仅能鉴定到菌属水平（genus），无法区分具体菌种和菌株，若需要精准评估致病菌或功能菌应选择宏基因组（shotgun metagenomics）测序，可鉴定到种（species）甚至株水平
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Unverified16S测序主要靶向细菌16S rRNA基因的可变区（如V3-V4区），无法检测真菌、病毒和噬菌体；如需评估肠道真菌（如念珠菌）需选择含ITS测序或宏基因组的产品86% similarUnverified16S rRNA测序能给出菌群相对丰度和多样性(如乳杆菌占比)，但对具体致病菌种鉴定到种水平能力弱；宏基因组(mNGS)或靶向qPCR才能精确定量特定病原，追求诊断精度选后者85% similarUnverified肠道菌群检测优先选择基于16S rRNA全长测序或宏基因组（shotgun）测序的产品，宏基因组可鉴定到菌株/物种级别且能检测功能基因，而普通16S V3-V4区测序只能到属级别，对'个性化补充建议'的支撑力弱很多84% similarUnverified16S rRNA测序能提供菌群全景组成信息，但无法检测真菌（如念珠菌）和寄生虫（如滴虫），对这类感染的排查需要其他检测手段82% similarUnverified采用宏转录组(RNA)测序而非16S rRNA测序，检测的是菌群活跃表达功能而非仅仅识别菌种存在，信息维度不同于大多数竞品80% similar
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