SBML

传统上，构建生物学模型需要掌握专门的建模语言（如 SBML）或仿真工具（如 COPASI、VCell）。

SBML 是一种基于 XML 的标准化交换格式，用于描述生化反应网络，包括物种、反应、参数和数学表达式。

SBML 由 SBML 社区维护，目前已被数百个建模与仿真工具所支持，是目前系统生物学领域事实上的通用语言。

SBML 本身只描述模型结构和数学关系，并不直接包含仿真算法，用户通常还需要搭配专门的求解器。